7월16일부터 갑자기 A/C교체 공사 그리고 석면공사(옆건물) 시작하고 한주 동안 (석면공사 소리가 심한경우 3주동안) 연구실 못 쓰게 되서 갑자기 모두에게 질주일 휴가가 생겼다. 나는 행정일이나 회의가 있어서 휴가보다 재택근무처럼 됬지만 실험실에 가지 못 한것이 이렇게 불안한지 몰랐다. 매일 다닌 장소에 못 가게 된것이 신기하게 사람을 불안하게 만들은것 같아.
한주 학교 못 가지만 전공주임교수로 결제 해야한 문서가 교내에서만 접석 가능한 것 때문에 가끔 학교내 wifi 접석하로 학교 땅안에 컴퓨터 가지고 가서 차 안에서 결제하고 집으로 들아가는 예정이다…. 현재 밀린 논문심사는 2편, 이번 기회에 다 끝내고 싶다. 주로 하는 일은 강의준비나 논문작성 및 논문심사라서 사실은 집에서 다 할 수 있지만 집에서는 일을 할 수 있는 환경이 안되있고 유혹이 많고 가족들 다 있어서 집중도 안되고…. 사무실에 중요성을 깨닫다…
코로나로 인해 재택근무 하신분들이 많아졌는데 원래 집에서도 할 수 있는 일들을 직장에서 하고 있는 것을 모두가 알게 되었는것 같다. 그런데 실제로 내가 재택근무 하게되니까 불편하고 불안한 것을 깨닫다. 그런데 재택근무에 익숙해지면 출근하기가 싫어질 것 같아서 참 무섭기도 하고.
비닛과 샤바즈가 학교 못나가니까 카페에서 논문 쓰고 있다고 하고 신기하게도 더 집중이 잘 된다고도 한다. 그래서 연구실에서 집중이 어려운 이유를 생각해봤다. 단순하게 카페에는 물건이 많지 않아 딱 랩탑 하나라서 마로 앞에 있는 일에 집중 할 수 있는거 아닐까? 많은 물건들이 책상 위에 있으니 무의식으로 뇌가 피곤해진 것이 아닐까? 책상위 정리가 잘된 사람들이 일반적으로 일을 잘한다고 들어본 적도 있고. 그리고 카페에서 여기저기 있는 식물들이나 음악. 이런 환경이 집중할 때 도움이 되는가 궁금하다. 혹시 연구실 책상이 책장도 없고 서랍장도 없고 모니터도 없다면 더 집중이 잘되지 않을까? 모두가 그럴것 같은데 학교오면 바로 컴퓨터 키고 (끄지 않고 퇴근하는 사람들도 있고….) 쓰지도 않은데 바로 앞에 켜져 있으니까 더 집중이 안될 수도 있다고 생각한다. 컴퓨터는 필요할 때만 켜져 있어야하고 그외때는 끄고 다른일에 집중 해야하지 않을까? 차라리 모든 컴퓨터를 공동용으로 설치하고 필요할 때만 가서 조사하고.
컴퓨터가 없는 시대에 살았던 사람이라 이거저거 집중이 안된 이유가 컴퓨터 때문에 아닐까란 결론 내보렸지만 뭐가 문제인지 모르겠다….. 스마트폰도 문제이지만 그냥 켜버린 컴퓨터도 문제인것 같은데…..
최근에 2책을 읽었다. Singletasking하고 인스타브래인(아래 그림 참고). 물론 일본어로 번역된것을. 내가 스마트폰 쓰기 시작했을때가 2012년 Galaxy S2였다. 처음은 핸폰으로 Internet검색이나 Email확인을할 수 있어서 좋아했다. LTE가 생겨서 동영상도 볼수 있게 됬다. Youtube를 많이 보게됬다. 심심하면 Facebook보고 누가 “좋아요” 했을까 5분마다 확인하는 인생이 시작했다. 버스 안에서는 풍경보다 Netflix보고 산책할때도 아름다운 한라산보다 스마트폰보고 걷게 됬다.
심심한것을 못 참게 됬다. 뭘 하나 시작하면 틈시간에 다른하나를 또 시작하는 multi tasking도 많이 하게 됬다. 효율적인것 처럼 보이지만 multi-tasking은 질이 좋지 않은 결과밖에 얻을 수 없고, multi-tasking이 아니라 frequent task-switching이라고 알게 됬다. 집중력이 없어졌다. 잘 생각할 수 없게 되었다. 뇌까지 신호가 안가고 척추로 바로반사반응하는 사람이 되었다. 연구를 해도 실수하고 programming해도 실수를 하고 제안서를 써도 거절을 당하고 강의를 해도 앞뒤 않맞는 소리를 하고. 2012년때에는 상상할 수 없었던 사실을 알게되었다. 나 핸폰 중독자다. 심심하면 핸폰 만지고 있어. 사랑하는 사람앞에서도 아름다운 풍경앞에서도 핸폰만지고 있어. 핸폰 벨소리 들면 아드레날린이 나오고 facebook “종아요”를 볼때마다 도파민이 나온다.
2책을 읽어 객관적으로 자신을 돌아볼 수 있었다. 12월 부터 facebook 그만하고 집에서도 핸폰 전원을 끄고 책을 많이 읽을려고 노력시작 했다. 일단 도파민 수용체가 날마다 줄인것을 느꼈다. 술이나 담배처럼 끊기 힘든것이 아니였다. 담배는 진짜 끊기 힘들었다…. 아내없이 할 수 있는일이 아니였다. 하지만 스마트폰은 1주일정도 되면 생활이 달라지는것을 느끼고 예전에 자기가 중독자였던것을 깨닫다. 이제 핸폰은 그냥 전화기가 됬다. 핸폰은 전화통화가 되고 가끔 car navigation, 비행기안에서 영화보는 용도로만 쓰게 됬다. 2021년이라도 나는 iPhone7쓰고 있다.
2주후에 개강한다. 대학생들중에 나보다 핸폰중독이 심한학생들이 많다. 강의중에도 열심히 핸폰만지고 있고 어떤 학생은 상담중이라도 내 앞에서 핸폰만지고 있고. 컴퓨터 수업이라면 많은 학생이 Internet보고있어. 코로나때문에 online 강의가 많아졌을건데 얼마나 유혹이 많을까… Zoom중에 다른 창을 열지 않은 학생이 몇 명이 있을까….
최근 신종 코로나 바이러스(이하 코로나) 감염자 수가 급격히 증가하고 있습니다. 감염자 중 일부는 증상이 없이 완치된 경우도 있으며, 일부 환자는 증상이 악화되어 생을 마감하는 사람도 있습니다. 코로나 감염이 시작된 2019 년 12 월부터 현재까지 코로나 감염자의 건강 상태와 회복조건 등 많은 의료 데이터가 공개되었으며, 이러한 데이터는 그 중에서도 고령자나 고혈압, 당뇨병이 있는 사람들은 코로나에 걸리면 증상이 악화되어 사망률이 높아지는 것을 나타냈습니다. 그러나 아직까지 이러한 질병을 갖고 있는 환자들이 왜 코로나 증상이 악화하는지에 대한 원인이 아직 알려져 있지 않습니다. 코로나는 감염력이 강하기 때문에 감염예방을 철저히 해도 감염될 가능성이 높은 것은 사실이라 감염 후 증상이 악화되지 않도록 예방할 수 있을까 고려해야 합니다.
코로나와 장의 관련성
코로나에 감염되어 증상이 악화되어 입원하신 분들 중에 호흡기 증상 외에도 복통, 구토, 설사 등의 소화기관에 관련된 증상이 있는 것이 보고되고 있습니다. 코로나가 증상이 악화되어 입원한 환자 중 일부에는 코로나 바이러스가 소화기 계통의 세포에서 검출이 되었다는 것도 보고되고 있습니다(https://gut.bmj.com/content/69/6/997) .
또한 코로나에 의해서 사망한 사람의 해부 결과에서 코로나 바이러스는 폐 뿐만 아니라 간, 췌장, 창자, 뇌, 심장과 내장 곳곳에서 검출되었습니다. 추가 연구가 필요하기는 하지만 중증환자는 폐 뿐만 아니라 다른 신체기관에도 코로나 바이러스가 감염되어 있었다는 것을 알 수 있습니다. 그럼 왜 중증환자는 폐 외에도 코로나 바이러스 감염이 일어난 것일까요? 호흡기로 감염이 된 후 코로나 바이러스가 직접적으로 이동할 수 있는 장소는 소화기관 입니다. 신장, 췌장, 심장 등의 내장은 몸 안에, 즉 혈액을 통해 침입 수 있지만 소화기관은 입에서 식도를 통해 위, 소장, 대장을 통과하여 대변으로 다시 체외로 배출되는데, 그 증거로 대변에서도 코로나 바이러스가 검출되었습니다(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32243607/). 잘 생각해 보면 코로나 감염에 의해서 중증으로 이어질 수 있는 노인, 비만, 고혈압, 당뇨병은 장내 환경의 불균형과 관련이 있습니다. 구체적으로 코로나의 중증 위험군과 장내 환경과는 어떤 관계가 있다고 생각되는 것일까요? 이러한 내용에 대해 최신 연구결과를 정리한 논문을 소개하려고 합니다 (https://mbio.asm.org/content/12/1/e03022-20).
장에서의 코로나 바이러스 감염
코로나 바이러스는 ACE2라는 상피세포에 있는 단백질을 통해 세포에 침입합니다. 이 단백질은 폐에만 있는 것이 아니라 소화기관의 상피세포에도 만들어지기 때문에 코로나 바이러스가 장의 상피세포에 감염할 수 있습니다. 하지만 그러기 위해서는 3 개의 벽을 넘지 않으면 안 됩니다. 첫째, 장에는 약 70 %의 면역세포가 모여 있기 때문에 이러한 면역세포의 공격을 피해야 합니다. 둘째, 장내에는 많은 세균이 존재하고 상피세포에 도달할 때까지 이러한 세균의 벽을 극복하지 않으면 안 됩니다. 셋째, 상피세포는 두꺼운 점액(약 0.7 ㎜)에 싸여 있기 때문에 점액의 벽을 극복하지 않으면 안 됩니다. 노로 바이러스와 같은 장내 감염에 특화된 바이러스는 점액에 감염되어 번식하지만, 코로나 바이러스와 같이 ACE2 단백질을 통해 세포에 침입하는 바이러스는 실질적으로는 장내 감염의 가능성은 매우 낮은 것입니다. 그럼 어떠한 경우에 코로나 바이러스가 장을 통해 감염이 일어날까요?
장내 환경의 불균형이 코로나 바이러스의 침입을 허용
장 내에는 다양한 세균이 살고, 위장과 소장에서 소화되지 않는 찌꺼기를 소화시키고 있습니다. 이 소화되지 않은 나머지는 주로 식이섬유와 올리고당을 포함하고 있습니다. 일반적으로 유익균으로 알려진 장내 세균은 이들을 분해하여 비타민과 지방산을 생성합니다. 유익균이 만드는 지방산은 장내 환경을 약산성으로 만들어 나쁜 박테리아의 작용을 약화시키며, 또한 생산되는 지방산은 대장세포에 포함된 내장을 보호하고 있는 점액을 만드는 에너지원으로 사용됩니다. 장 내에서는 이 유익균과 유해균이 균형을 취하면서 존재하고 있습니다.
불균형 식생활(특히, 식이섬유 부족)이 지속하면 유익균이 줄어들어 장 점액이 얇아지고 유해균 및 기타 세균의 침입을 허용하여 변비, 설사, 복통 등의 대장질환을 유발합니다. 이것은 장누수증상(Leaky gut syndrome)으로 본래라면 면역세포와 두꺼운 점액으로 덮여 있으며 장세포 사이의 틈새를 강하게 결합하여 보호하고 있던 창자가 장내 환경의 불균형 악화로 인해 점액이 얇아져 세포 사이의 틈새가 느슨하게 되어 이물질의 침입을 허용하는 것으로 일어나는 장 질환입니다. 장누수증상으로 인해 이물질이 혈액 내에 침입하면 몸속의 면역 스위치가 켜져 이를 제거하려고 합니다. 대량의 이물질이 있을 수 없는 위치에 침입하면 면역이 폭주하기 시작합니다 (‘사이토카인 폭풍’이라고 합니다). 장내 세균이 만들어내는 지방산이 면역의 폭주를 억제하지만 장내 환경의 불균형은 면역의 폭주를 조절하지 못하며 이물질 뿐만 아니라 정상세포까지 공격하기 시작합니다. 장누수증상 환자가 코로나에 감염되면 코로나 바이러스는 소화기관을 감염시킬 뿐만 아니라 혈류를 통해 다른 장기에도 감염 시킬 수 있습니다. 실제로 장누수증상 때문에 코로나 증상이 중증으로 발전한다는 보고도 나와 있습니다 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.13.20231209v1.full).
코로나 바이러스의 증상을 악화시키는 것을 방지하고 장내 환경을 개선하자
일차적으로 마스크 착용은 코로나 감염을 막기 위해 효과적입니다. 많은 사람들이 마스크를 잘 착용하고 생활하고 있지만 감염자 수가 날로 증가하고 있습니다. 감염 예방을 위한 면역 강화보다는 감염이 악화되지 않기 위하여 무엇을 하면 좋을까요? 장누수증상이 주요 원인으로 생각되기 때문에 장내 환경을 개선하는 방법을 소개하고 싶습니다.
1. 식사, 보조식품에 의한 장내 환경 개선
장누수증상은 유익균이 감소하여 장 점액이 줄어들어 발생합니다. 대장의 점액은 장 상피 세포가 유익균이 식이섬유와 올리고당을 분해하여 만든 지방산(특히, 낙산)을 이용하여 생성됩니다. 즉, 유익균(유산균이나 비피더스 균), 식이섬유, 올리고당 등의 섭취가 대장을 보호하는 점액을 많이 만들어내는 열쇠가 되는 것입니다. 그래서 프로바이오틱스 제품 및 발효 식품, 수용성 식이섬유를 매일 취하도록 합시다.
2. 수면 확보, 적당한 운동을 통해 장내 환경을 개선
대장은 뇌와 연결되어 있어 스트레스에 의해 장내 환경이 악화됩니다. 예를 들어 마우스를 이용한 동물실험에서는 마우스의 수면을 방해하는 것만으로 장내 환경이 악화되었다고 보고되고 있습니다(https://www.nature.com/articles/srep35405). 또한, 운동부족으로 인한 장내 환경의 악화도 보고되고 있습니다 (https://www.hindawi.com/journals/omcl/2017/3831972/). 즉, 건강한 식생활을 하고 있어도 수면부족이나 운동부족으로 인해 장내 환경을 악화시킬 수도 있습니다. 보조식품과 식생활의 개선과 더불어 적당한 운동과 수면시간 확보를 위해 생활습관의 개선에도 노력합시다.
3. 야외에서 빛을 받아 비타민D 합성을 통해 장내 환경을 개선
비타민D는 장누수증상을 억제하는 작용이 있다고 보고되어 있습니다 (https://www.iprogressivemed.com/vitamin-d-and-leaky-gut/). 또한, 비타민D가 부족한 코로나 감염자는 중증환자로 악화될 위험이 높다는 보고도 나와 있습니다 (https://www.nature.com/articles/s41598-020-77093-z). 비타민D는 음식으로 소량 섭취할 수 있으며, 대부분은 햇빛을 받는 것으로 체내에서 만들어지고 있습니다. 피부색이나 인종에 따라 차이는 있지만 일반적으로 20 ~ 30 분의 일광욕으로 하루에 필요한 비타민D가 체내에서 생성된다고 합니다. 코로나 감염으로 인해 외출을 자제하는 것도 중요하지만 때로는 마스크를 착용하고 야외활동을 하며 햇빛을 받아보세요.
호흡기 바이러스인 코로나 바이러스는 사실 폐뿐만 아니라 다른 장기에도 감염되어 중증으로 악화시킵니다. 폐 외의 장기에 감염이 장에서 침입하는 가능성이 높아 장내 환경의 불균형에 의한 장누수증상이 코로나 바이러스의 침입을 가능하게 하고 있는 것입니다. 장누수증상을 예방하기 위해서는 유익균, 식이섬유, 올리고당 등을 섭취하면 장 내에서 만드는 지방산을 증가시켜 장을 보호하는 점액을 증가시키는 것이 중요합니다. 또한, 식사 외에도 장내 환경을 악화하는 원인이 되는 스트레스를 줄이기 위해 적당한 수면과 운동을 습관화합시다. 외출이 어려운 상황에 있을 수 있지만 하루 30분의 일광욕으로 비타민D를 충분히 만들어 장누수증상을 예방하는 것도 유의합시다.
2020년 11월20일 서울에서 항생제 내성관련 심포지움이 열렀습니다. 구두발표 초청을 받아 하수처리장 그리고 양식장 항생제 내성유전자 방출에 대해서 발표하고 왔습니다. 아직 코로나때문에 비대면 발표 (발표자만 현장에서)였습니다만 학생들이 다 비행기타지 않고 “무료”로 여러 사람 발표를 볼 수 있어서 단장점이 있는것 같습니다. 코로나로 의해 힘든 것이 많습니다만 그중에서도 뭐가 긍정적으로 생각할 수 있는 것이 있다면 적극적으로 언급하시지요.
3년통안 하수처리장 분석을 했던 Shahbaz학생 그리고 2년통안 양식장 모니터링했던 조혜준 학생 덕분에 좋은 연구성과를 낼 수 있었고 향후 연구결과도 기대됩니다.
신종 코로나 바이러스가 세계적으로 확산되어 세계 보건기관이 “pandemic”을 선언했습니다. Pandemic은 세계적인 전염병 대유행을 의미합니다. 처음에는 중국을 비롯한 중국과 관계가 깊은 일본이나 한국에서의 감염자 수의 증가가 현저했지만 3 월에 들어가면서 이탈리아를 중심으로 유럽과 미국에 감염이 퍼져 아시아보다 감염자와 감염 사망자가 눈에 띄게 증가하고 있습니다. 이러한 원인은 국민성이나 각국의 의료 시설의 충실도 등이 영향을주고 있다고 생각합니다. 자, 여러분의 관심은 ‘어떻게하면 감염을 예방할 수있는 것인가」라고 생각 합니다만 지금까지 백신이 없기 때문에 마스크 나 외출을 자제 할 수 밖에 대책이 없습니다.
신종 코로나 바이러스는 최근 문제가 된 다른 코로나 바이러스 (SARS 나 MERS)와 어떻게 다른지라고하면 침이나 콧물에 포함 된 양이 많다는 것입니다. 따라서 “클러스터 감염 ‘이라는 밀폐 된 공간에서의 집단 감염이 이번 신종 코로나 바이러스의 특징입니다. 또한 SARS 나 MERS과 달리 감염자의 절반 정도가 합병증을 일으키는 것입니다. 사망자는 지병이있는 노인이 많아 특히 고혈압이나 당뇨병, 협심증 등이 많은 것도 알고 있습니다. 장내 세균과 이번 신종 코로나 바이러스에 대한 연구는 불행히도 아직보고되고 있지 않습니다. 세간의 블로그에서 장내 세균이 면역과 관계하고 있다는 점에서 오로지 식사 조언을하고있는 것 같습니다. 여기에서는 좀 더 과학적으로 생각해보고자합니다.
옛날부터 독감, SARS, MERS 등의 호흡기 바이러스에 감염되면 장내 세균총이 변화하는 것이보고되어있었습니다. 뇌 우퍼 내장 상관처럼 肺 장 상관라고도합니다. 폐에 바이러스가 감염되면 면역 세포는 폐에 집중하고 지금까지 대장에서 박테리아를 조절하고 면역 체계의 균형이 무너집니다. 이렇게하면 장내 세균총이 바뀝니다. 이와 같이 해석 할 수 있지만 2020 년 3 월에 영국 리버풀 대학이 발표 한 보고서에 따르면 폐 우퍼 내장 상관 관계 시스템은 더 간단한 것 같습니다. 마우스 동물 실험에 따르면 폐에 바이러스가 감염 면역이 활성화되면 “식욕 부진”입니다
체중이 줄어 듭니다. 이것은 “질병 행동”이라고 사람을 포함한 모든 동물에서 볼 수있는 행동으로 병에 걸리면 식욕 부진 것 “금식”에 의한 치료 효과를 자연스럽게 일으킬 시스템입니다. 리버풀 대학의 보고서에 따르면 바이러스에 의한 장내 세균총의 변화는이 질병 행동에 의한 “금식의 효과”임을 시사했다. 바이러스 감염없이 단순히 ‘금식’시킨 경우에도 같은 장내 세균총의 변화를 볼 수 있었다고합니다. 또한 바이러스에 감염된 마우스 항체를 이용하여 면역을 복구 해 주면 식욕이 없었고 결과적으로 장내 세균총에 변화가 없었다고합니다. 덧붙여서 창자 감염 노로 바이러스 같은 경우는 다른 이야기입니다. 창자 감염 바이러스는 장내 세균에도 창자 세포에 물리적으로 접촉하기 때문에 설사도하고 장내 세균총을 크게 변화시키고 있습니다.
폐에 바이러스가 감염되면 식욕 부진 것 “금식”모드로 장내 세균총이 변화한다는 것입니다. 금식의 효과에 대해서는이 장내 세균 시리즈에서도 이미 소개했지만 우리의 신진 대사가 변화뿐만 아니라 대장 내 세균의 대사 패턴도 달라집니다. 결과적으로 면역을 강화 질병에서 회복에 도움이됩니다. 는 금식을하면 모든 질병에서 회복 할 것인가라는 이야기가됩니다 만, 그런 간단한 이야기는 아닌 것입니다. 2016 년 미국 예일 대학의 연구 보고서입니다. 셀 등 국제 과학 저널에 게재되어 있습니다.
감염은 세균에 의한 것과 바이러스에 의한 것이 있지만 “금식의 효과 ‘를 기대할 수있는 것은 세균에 의한 감염 뿐이며, 바이러스 감염의 경우 금식은 비생산적이다 것을 제안했습니다. 세균에 감염되면 세균 내 독소에 의해 활성 산소 종을 발생 세포 나 유전자를 공격하고 염증의 원인이됩니다. 우리 몸은 음식에서 포도당을 만들어 에너지를 얻기 만 금식 상태가되면 지방 케톤체 분해 에너지를 만들어냅니다. 이 케톤체는 활성 산소 종을 억제하는 “항산화 작용”가 있습니다. 따라서 금식을하면 세균 감염에도 견딜 수있는 몸입니다. 한편, 바이러스에 감염된 경우 우리의 세포에있는 응급실에 문제가 발생합니다. 응급실은 세포 내에서 단백질을 만드는 부분이며,이 어이 바이러스에 의해 정상적으로 작동하지 않을 수 있습니다. 그러자 세포에서 만들어지는 단백질에 이상이 발생합니다. 세포는 이러한 비정상적인 단백질을 제거 할 수 있지만 비정상적 단백질의 양이 너무 많이 제거 할 수 없습니다 세포는 죽어 버립니다. 폐가 바이러스에 감염되면 이러한 폐 세포가 대량으로 죽을 수 폐렴이 발생할 수 있습니다. 그러나 응급실 스트레스 반응이라 불리는이 상태는 포도당을 섭취있는 것으로 완화 할 수있는 것으로 알려져 있습니다. 즉, 세균에 감염된 경우 금식 상태에 들어가기에 회복 합니다만 바이러스에 감염된 경우는 단식 상태에 들어가 버리면 포도당이 부족하고 복구 할 수없는 것입니다.
이러한 연구 논문을 변하는 신형 코로나 바이러스에 감염되면 “식욕 부진”가 “금식 모드 ‘에 들어갑니다 만 바이러스로 인한 응급실 스트레스의 완화에는 포도당이 필요해서”노력해도 안 먹고 말라 “는 것입니다. 병에 걸리면 식욕 부진하게 금식 면역을 높이는 「질병 행동 “이것은 자연의 섭리입니다 만 바이러스가이 자연의 섭리를 이용하고있는 것이 아닐까라고 생각하면 무섭 네요. 또한 최근 유행하는 당질 제한은 바이러스 감염시에는 피하는게 좋을 듯합니다. “장내 환경을 정비 해 바이러스에 대한 면역을 높이고 자 ‘보고 싶다 블로그가 많이 나돌고 있습니다 만”당분 섭취’가 회복의 관건이되기 때문에 당분이 많은 청량 음료 나 쌀 등이 좋을 것 같습니다 . 이러한 음식은 본래 당질이 많아 비만에 걸리기 쉽다지만 아픈 때는 결론 지어 봅시다. 신종 코로나 바이러스 백신이나 약은 아직 개발되어 있지 않기 때문에 자만하지 않고 마스크를하게 외출을 삼가하는 것이 가장 중요합니다. 내년은 무사히 올림픽이 개최되는 것을 바랍니다.
2019년 1년 수고 많은 우리 대학원생들. 마지막 날은 아니지만 올해 마지막 금요일 밤을 다 같이 식사 하였습니다. 다른 연구실은 외식을 하는데 저희는 Potluck을 했습니다. 각자가 일인분 음식을 가지고 와서 다 같이 나누어 먹었습니다. 마지막에 각자 2020년 논문 몇개 쓰겠다고 선포하고 끝냈습니다. 내년도 우리 실험실, 연구를 즐기고 생산적으로 결과를 도출하여 사회에 기여 한 연구실이 되도록 열심히 하겠습니다 ^^.
제가 2년동안 제주도 외국인자문위원회에 참석 했습니다. 일정이 바빠서 결국은 2번밖에 참석 못 했습니다만 12월24일에 마지막 회의는 참석 했습니다. 12월24일이라 그런지 이번에는 중국,일본 만 참석 하고 다른 나라 사람들이 christmas 때문에 오지못 했습니다. 역시 여러 나라 사람들 모이니까 그 나라 특색이 보입니다 ^^.
외국인 생활에 위한 Guide book에 대해서 자문 하는 자리 였는데 결국은 책으로 안내 한것 보다 internet에 정보를 공유 한것이 좋지 않으냐 랑 의견이 많았습니다. 모드가 다 smartphone 갖고 있는 시대라서요. 그리고 그 책도 2년마다 update하신다네요. 그 비용도 online 공유하면 필요 없어서 좋습니다. 일어로 번역 된 책은 없습니다만 중국어로 번역 된 책은 번역 오류가 많다고 하셨어요. 이런부분도 online으로 하면 바로 수정 가능 하지만 책으로 나오버리면 2년후에 수정 해야되네요.
grep ATGC my.fasta : 이건 my.fasta안에서 ATGC가 있는 모든 줄을 표시 합니다
grep -c ATGC my.fasta : 이건 my.fasta안에서 ATGC가 있는 줄이 몇 줄인지 알려줍니다
wc -l my.count_table : 이건 my.count_table안에 몇 줄이 있는지 알려줍니다, 따라서 1을 빼면 unique sequence 수를 알 수 있고 “grep -c ‘>’ my.fasta 와 동일 한 숫자가 나와야합니다
다음은 awk 입니다. 아주 좋은 command인데 생각 보다 많은 사람들이 쓰지 않고 Excel로 처리 하고 있는데 awk가 더 편합니다 awk는 “행” 말고 “열”을 표시 할때 사용 합니다. 예를 들며 column5개 있는 excel 데이터를 메모장에 copy paste 해서 a.txt 랑 이름으로 저장 해서 3번째 column만 보여주고 싶으면 1 command. 2번째가 0.05 이하인 경우 5번째 표시 하고싶으면 2 command. 3번째 column, 4번째 column을 표시 하고 싶고 사이사이를 <tab>으로 separation표시 할려면 3command
awk ‘{print $3}’ a.txt
awk ‘{if($2<0.05) print $5}’ a.txt
awk ‘{print $3″\t”$4}’ a.txt
다음은 sed 라고 하는 command 인데 sed는 문자를 치환 해줍니다. 예를 들어 a.txt랑 메모장에 ABcDEFG 라고 있는데 그걸 ABCDEFG로 수정 해서 b.txt에 저장 하고싶다면 command 1처럼 실행 하면 c를 C로 치환 해줍니다. 모든 줄에 적용 됩니다. 하지만 첫번째 c만 치환 해주고 같은 줄에 한번 더 c가 있으면 치환 안해줍니다. 한줄에 있는 모든 c를 C로 치환을 원한다면 g를 추가 하시면 됩니다 (command 2)
Microbiome Lab 